Giáo hoàng Honorius sinh tại Rôma với tên thật là Cencio Savelli vào khoảng năm 1160. Gia đình Savelli đặt tên theo pháo đài Sabellium, gần Albano.

Ông đã ở tại nhà thờ Đức Bà Cả ở Rôma, rồi trở thành thị thần của Giáo hoàng năm 1188 và Hồng y phó tế của Santa Lucia trên đảo Sicilia vào năm 1193.

Dưới triều Giáo hoàng Clêmentê III và Giáo hoàng Cêlestinô III, ông là người quản lý tài chính của Giáo hội Công giáo.

Năm 1197, ông trở thành một người giám hộ của hoàng đế Frederic tương lai, là người đã được hoàng hậu Constantia giao phó cho Innôcentê III coi sóc, Innôcentê III làm cho ông trở thành hồng y linh mục vào ngày 13 tháng 3 năm 1198 và về sau ông trở thành hồng y của nhà thờ thánh Phêrô và Phaolô.